Kantor Balai Pelestarian Sejarah dan Nilai Tradisional Yogyakarta menempati bangunan kuno dan bersejarah, dikenal dengan nama nDalem Joyodipuran yang terletak di Jalan Brigjen Katamso 139 Yogyakarta 55152. nDalem Joyodipuran merupakan sebuah bangunan rumah Jawa klasik yang berbentulk limasan. Pada mulanya rumah ini bernama nDalem Dipowinatan sesuai dengan nama pemiliknya KRT. Dipowinoto. Setelah KRT. Dipowinoto meninggal bangunan rumah ini oleh Sultan Hamengku Buwono VII kemudian dihadiahkan kepada menantunya yang bernama KRT. Joyodipuro yang dikenal sebagai seniman serba bisa, sejak itu bangunan rumah ini dikenal dengan nama nDalem Joyodipuran. Setelah berulangkali terjadi pergantian kepemilikan dan penghuni, akhirnya sebagai pemilik terakhir bangunan beserta tanah nDalem Joyodipuran adalah Departemen Kebudayaan dan Pariwisata, yang difungsikan sebagai Kantor Balai Pelestarian Sejarah dan Nilai Tradisional Yogyakarta.

Pada masa pergerakan nasional nDalem Joyodipuran mempunyai peranan yang sangat penting antara lain: pada tanggal 29 Mei – 3 Juni 1919 sebagai tempat Kongres Jong Java I, 23 – 27 Mei 1923 sebagai tempat Kongres Jong Java II, dan pada tanggal 22 – 25 Desember 1928 sebagai tempat Kongres Perempuan Indonesia I. Oleh karena besarnya peranan yang dimiliki oleh nDalem Joyodipuran dalam kancah pergerakan dan perjuangan kemerdekaan Indonesia, membuktikan bahwa bangunan ini merupakan bangunan bersejarah yang perlu dilestarikan.